В недалеком будущем неожиданный и быстрый подъем уровня моря затопил большую часть человеческой цивилизации. Икаруга Нацуки, молодой человек, потерявший мать и ногу в трагическом случае много лет назад, возвращается удрученным из тяжелой жизни в городе, чтобы обнаружить свой дом детства в сельской местности, частично затопленный океаном. Теперь он один, все, что осталось у него, — это корабль и подводная лодка, оставленные его бабушкой-океанологом, вместе с ее долгами. Его единственный шанс возродить свои утраченные мечты — это возможность, предлагаемая сомнительным коллектором долгов Кэтрин. Вместе они отправляются в путешествие к затопленным руинам лаборатории его бабушки, надеясь обнаружить слухи о сокровище. Вместо богатств они обнаруживают Атри, странную девушку в гробу на дне моря. Атри — робот, но ее реалистичная внешность и глубокие эмоции могут легко убедить любого, что она человек. Благодарная за спасение, Атри клянется Нацуки: «Я хочу выполнить последний приказ своего хозяина. Пока я этого не сделаю, я буду твоей ногой!» В маленьком городке, который постепенно поглощает море, для этого мальчика и загадочной девушки-робота начинается незабываемое летнее приключение...